Development of an ontology-based subset tool for bioinformatics system

Abstract

In this thesis, a software prototype tool for conducting subsets for bioinformatics datasets is developed. The main feature of the tool is utilization of bioinformatics ontologies to determine join conditions between datasets automatically. In addition to ontologies integration, another key principle of the tool is usability without need of special skills in SQL expressions used for creating complex subsets. The prototype used for subsetting genomic and clinical datasets is created with Vaadin web framework. In the end of the project, application logic of key requirements of the tool is implemented resulting in a baseline for further development to integrate the tool with the overlaying software product.

Tässä työssä kehitetään ohjelmistotyökalun prototyyppi bioinformatiivisen datan poimintoihin. Työkalun pääominaisuuksiin kuuluu datajoukkojen yhdistämisen automatisointi bioinformatiivisia ontologioita hyväksi käyttäen. Ontologioiden integroinnin lisäksi toinen työkalulta vaadittava ominaisuus on helppokäyttöisyys ilman vaativiin poimintoihin käytettävän SQL-kielen taitoa käyttäjältä. Genomi- ja kliinisiä datajoukkopoimintoja mahdollistava web-sovellus kehitetään Vaadin-tekniikkaa käyttämällä. Työn lopuksi prototyypin päävaatimusten logiikka saadaan implementoitua, luoden lähtökohdan työkalun jatkokehitykselle, jotta ohjelma saadaan integroitua osaksi suurempaa ohjelmistokokonaisuutta.