Ohjelmistotyökalut kiraalisuuden käsittelyssä
Kuusinen, Venla (2025)
Kandidaatintyö
2025
School of Engineering Science, Tietotekniikka
Kaikki oikeudet pidätetään.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe20251211117844
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe20251211117844
Tiivistelmä
Kiraalisuus vaikuttaa merkittävästi molekyylien biologiseen aktiivisuuteen. Monet lääkeaineet ovat kiraalisia, ja tunnettu esimerkki tästä on talidomidi. Talidomidi aiheutti vakavia sikiövaurioita, koska elimistössä tapahtui kiraalinen inversio. Lääkevirastojen linjausten mukaan kiraalisuus tulee huomioida lääkekehitysprosessissa. Tässä työssä selvitetään, kuinka ohjelmistotyökalut tunnistavat tai huomioivat kiraalisuuden.
Tämä kandidaatintyö on toteutettu puolisystemaattisena kirjallisuuskatsauksena. Tieteellisten artikkeleiden avulla tehdään selvitys avoimen lähdekoodin ohjelmistotyökaluista ja niiden tavoista käsitellä kiraalisuutta. Työn lopuksi toteutetaan analyysi, jossa havainnot kootaan yhteen.
Artikkeleiden perusteella työssä tarkasteltiin viittä ohjelmistotyökalua: Ambit-SMIRKS, CanSARchem, CSVP, Gypsum-DL ja Scaffold Hunter. Tulosten perusteella havaittiin kuitenkin merkittävä rajoite, sillä artikkeleista ei selvinnyt näiden ohjelmistotyökalujen nykytila. Tämän vuoksi jatkotutkimus keminformatiikan ohjelmistotyökalujen nykytilasta sekä selvitys alan tämänhetkisistä trendeistä olisi perusteltua. Chirality has a strong effect on the biological activity of molecules. Many drugs are chiral, and a well-known example is thalidomide. Thalidomide caused serious birth defects because chiral inversion occurred in the human body. According to drug regulatory guidelines, chirality must be considered in drug development. This work examines how software tools detect or account for chirality.
This bachelor’s thesis is based on a semi-systematic literature review. Scientific articles are used to examine open-source software tools and how they handle chirality. Finally, the findings are analyzed and summarized.
Based on the articles, this thesis studies five software tools: Ambit-SMIRKS, CanSARchem, CSVP, Gypsum-DL, and Scaffold Hunter. However, a major limitation was found, as the current status of these tools was not clear from the articles. Therefore, further research is needed to better understand the current state of cheminformatics software tools and trends in the field.
Tämä kandidaatintyö on toteutettu puolisystemaattisena kirjallisuuskatsauksena. Tieteellisten artikkeleiden avulla tehdään selvitys avoimen lähdekoodin ohjelmistotyökaluista ja niiden tavoista käsitellä kiraalisuutta. Työn lopuksi toteutetaan analyysi, jossa havainnot kootaan yhteen.
Artikkeleiden perusteella työssä tarkasteltiin viittä ohjelmistotyökalua: Ambit-SMIRKS, CanSARchem, CSVP, Gypsum-DL ja Scaffold Hunter. Tulosten perusteella havaittiin kuitenkin merkittävä rajoite, sillä artikkeleista ei selvinnyt näiden ohjelmistotyökalujen nykytila. Tämän vuoksi jatkotutkimus keminformatiikan ohjelmistotyökalujen nykytilasta sekä selvitys alan tämänhetkisistä trendeistä olisi perusteltua.
This bachelor’s thesis is based on a semi-systematic literature review. Scientific articles are used to examine open-source software tools and how they handle chirality. Finally, the findings are analyzed and summarized.
Based on the articles, this thesis studies five software tools: Ambit-SMIRKS, CanSARchem, CSVP, Gypsum-DL, and Scaffold Hunter. However, a major limitation was found, as the current status of these tools was not clear from the articles. Therefore, further research is needed to better understand the current state of cheminformatics software tools and trends in the field.